Doença autoimune e imunodeficiência são a mesma coisa?

A resposta é: Não!

As doenças autoimunes são um mau funcionamento do sistema imunológico, onde o organismo ataca seus próprios tecidos, em vez de produzir anticorpos contra bactérias ou vírus. O corpo briga com ele mesmo.

Já as imunodeficiências são caracterizadas por um ou mais defeitos do sistema imunológico. Como consequência destas alterações, o indivíduo se torna mais propenso a apresentar grande número de infecções, ou seja, o paciente apresenta alterações que não permitem uma boa defesa, por exemplo, contra vírus e bactérias.

Tanto uma quanto a outra, são situações que alteram funções do sistema imunológico, porém são diferentes e com quadro clínico diferente.
Ninguém melhor do que o seu médico para tirar todas as suas dúvidas!